漢學研究中心設有指導委員會，任務為研訂漢學研究中心重要政策方針並指導各項計畫之進行。教育部終身教育司司長、國家圖書館館長為當然委員，委員係由教育部部長聘任，任期二年。第18屆指導委員，任期自2016年7月至2018年6月，名單如下（按姓氏筆劃排序）：
王汎森（中央研究院副院長）
史書美（美國洛杉磯加州大學比較文學系和亞洲研究系教授 ）
石守謙（中央研究院歷史語言研究所特聘研究員）
呂妙芬（中央研究院近代史研究所研究員兼所長）
李奭學（中央研究院中國文哲研究所研究員）
邱貴芬（國立中興大學臺灣文學與跨國文化研究所特聘教授）
柯慶明（國立臺灣大學新百家學堂計畫執行長）
陳弱水（國立臺灣大學文學院院長）
陳益源（國立成功大學中國文學系特聘教授）
陳國棟（中央研究院歷史語言研究所研究員）
曾淑賢（國家圖書館館長兼漢學研究中心主任）
黃月麗（教育部終身教育司司長）
黃寬重（長庚大學人文及社會醫學科講座教授）
葉文心（美國柏克萊加州大學歷史系講座教授）
蔡英俊（國立清華大學人文社會學院院長）
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